对冲基金的结构，对冲基金本身既没有员工，也没有除投资以外的资产。投资管理公司管理投资组合，是实际开展业务和雇用员工的独立实体。
除了投资管理公司之外，还有其他部门为对冲基金提供服务。最常见的是：
大宗经纪部：大宗经纪业务包括保证金交易、衍生品合约交易对手、交易执行、清算结算等。许多大宗经纪部门还提供托管服务。一般来说，主经纪商部门是大型投资银行的机构。
管理部：管理部一般处理股票相关事宜并履行相关清算职能。对于一些基金，尤其是美国基金，其管理公司也会负责上述的一些业务。这样，投资管理公司就可以控制资产的账面净值，并通过净值的增加获得业绩补偿，这可能会增加固有的利益冲突。在美国境外，此功能通常由第三方执行。
市场部：市场部负责向潜在投资者销售基金。通常，这项任务也由投资管理公司承担。
登记
对冲基金的法律结构，特别是其注册地和法律实体类型，通常由基金目标投资者的税务环境决定。监管因素也发挥了作用。许多对冲基金设立在离岸金融中心，因此当投资组合价值升值时，基金无需缴税，税费由投资者承担。投资管理公司通常总部位于大型金融中心，根据收到的基金管理费纳税。
据估计，2011年，一半的对冲基金在境外注册，另一半在境内注册。开曼群岛注册的对冲基金数量位居全球第一，占比34%，其次是美国24%、卢森堡10%、爱尔兰7%、英属维尔京群岛6%、百慕大3%。
投资管理公司地点
与基金本身不同，投资管理公司大多在境内，以吸引大量金融人才并贴近投资者。对冲基金获得的投资大部分来自美国东海岸，主要是纽约市和康涅狄格州黄金海岸地区，那里是对冲基金管理公司数量最多的地区。据估计，2004年美国有7000家投资管理公司。
伦敦是欧洲对冲基金管理公司最集中的地方。 2011年底，伦敦占所有欧洲对冲基金投资额的70%，相当于3950亿美元。亚洲，尤其是中国，是全球对冲基金行业日益重要的资金来源。亚洲对冲基金资产集中在英国和美国，两国各占四分之一左右。
法人实体
针对在美国纳税的投资者的对冲基金主要采用有限合伙制，因为投资者在美国可以享受相对优惠的税收待遇。在有限合伙企业中，投资管理公司（尽管有时是离岸法人实体）通常是普通合伙人，投资者是有限合伙人。美国境外的投资者以及在美国不纳税的投资者，如州、公司、私人养老基金、工会养老基金等，一般投资离岸公司基金，因为可以减少一些税收。对冲基金有时采取单位信托基金的形式来吸引日本投资者。这种形式除了税负不同外，并不影响基金的性质。
投资管理公司负责组织和设立对冲基金。他们还可以通过担任有限合伙基金的普通合伙人或持有公司基金的原始股份来保留自己的利益。初始股份一般没有经济权利，投票权仅限于某些事项，例如选择投资经理。基金的战略决策由独立董事会做出，董事会一般接受投资经理的意见。
开放性
对冲基金通常是开放式的，这意味着投资者可以定期认购或赎回它们。公司基金的发行价和赎回价均为基金份额净值。因此，如果基金投资的资产升值，单位净值就会增加，投资者赎回的金额将高于购买成本。同样，有限合伙基金的投资者也根据其认购金额承担部分盈亏，因此投资者的赎回金额可能与其出资额不同。
投资者之间通常不会买卖股票或有限合伙人权益，对冲基金通常在投资者赎回之前不会支付股息。但封闭式基金则不同。他们可以交易一小部分股票、支付股息，或者在有限期限结束时将资金返还给投资者。大多数对冲基金允许投资者每月或每季度赎回一次基金，而有些基金只能每年或每两年赎回一次。
独立账户
如果对冲基金持有的资产无法可靠估值或流动性相对较差，但基金本身相对容易赎回，则该基金可以设立“独立账户”。该基金将流动性较差的资产从主要资产组合中分离出来，单独置于“独立账户”，并赋予投资者相关权益。然而，这些权益或股份不能随时赎回。只有基金出售“独立账户”中的资产后，投资者才能赎回并获得预期年化收益。
设立独立账户是为了解决投资者赎回股票时的估值问题。如果投资者赎回时某些资产无法估值或出售，则基金无法确定其赎回付款是否正确计算。更重要的是，投资者的赎回可能只能通过出售基金的流动资产来支付。若投资者赎回后非流动资产价值未达到预期水平，所有损失将由其他投资者承担，投资者不承担任何损失。通过独立账户，基金可以确保一旦相关资产的流动性变差，所有投资者将承担相同的损失，而主要资产组合可以继续接受申购和赎回。反过来，这个时期的订阅也存在同样的问题。
独立账户一般作为应急措施使用。 2008年9月雷曼兄弟倒闭后，对冲基金纷纷设立独立账户，以避免因市场崩盘而无法按市价出售资产。
一些专项基金也可能在日常运作中使用独立账户。例如，投资保险产品的基金可能会在自然灾害发生后将相关证券转入独立账户。一旦评估了赔偿金额，就可以相对准确地对证券进行重估。
上市基金
公司基金有时在规模较小的证券交易所上市，例如爱尔兰证券交易所，对投资者的监管要求较低。但这些公开交易的对冲基金的股票通常不在交易所交易。
基金上市不同于投资管理公司上市或首次公开募股（IPO）。尽管媒体将其报道为“对冲基金IPO”，但丰泽投资集团的IPO实际上是一家投资管理公司的上市，而不是其管理的对冲基金的上市。
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